아, 저하고 같은 고민을 하셨네요.. ^^;
http://blog.gnuboard.org/2012/05/mobile-subdomain/ update 부분

아마 화일 최종 업데이트 순이 아닐까 합니다.
적어도 저는 그랬습니다.

메뉴얼에는, 시스템마다 다를 수 있다고 하네요..-_-
"The order in which directory entries are returned by the read method is *system-dependent*."

그래서 저는 아예, common.php 해당부분을 아래처럼 강제로 알파벳 순으로 읽어들이도록 바꿨어요.. ^^

$extend_files = array();
$tmp = dir("$g4[path]/extend");
while ($entry = $tmp->read()) {
// php 파일만 include 함
if (preg_match("/(\.php)$/i", $entry))
$extend_files[] = $entry;
}
asort($extend_files);
foreach ($extend_files as $entry) {
include_once("$g4[path]/extend/$entry");
}

시스템마다 다르면 의미가 읍겠네요 -_-
강제로 변경하면 해결은 되긴 하는데
그누원본 수정이 되면 안되는 상황이라 ㅜㅜ
다른방식으로 처리해야 겠네요 ㅜㅜ
답변 감사드립니당 ^^