1. 파일은 ftp로 다운 받으셔도 되고요
2. db는 따로 백업 받으셔야 합니다.

db 백업 방법은 텔넷으로 계정에 접속하시어
mysql 쓰실 경우 mysqldump 명령어를 활용하시어 백업 받으실수 있습니다.
관련링크 : http://search.naver.com/search.naver?sm=tab_hty.top&where=nexearch&ie=utf8&query=mysqldump [네이버 검색 결과입니다.]

혹 웹호스팅을 사용하고 계시고 업체(ex. cafe24, gabia 등) 에서 자체적으로
DB 백업을 제공한다면 로그인 후 쉽게 백업 받으실수도 있을것 같습니다.

도움이 되었으면 좋겠네요.^^..

대부분의 경우 FPT 로 화일 올리는 폴도와 디비폴더는다른 것 같습니다.
혹 갚은 폴더에 셋팅하는 경우도 있지만 대부분의 경우 각각 다른 폴더에 설치를 하여 운영하더군요.
위선 그것부터 알아 보시는 것이 좋을 것 같습니다.
그 나머지는 위에 분이 올린 것과 같이 백업하실 수 있을 것 같습니다.