네이버 웹마스터도구에 접속합니다.
http://webmastertool.naver.com/

1. ​사이트 정보 입력​
   신디케이션을 사용할 도메인을 입력합니다.
   도메인 뒤에 경로는 붙일수 없습니다.
   
   
2. 사이트 소유 확인
   사이트가 본인의 것인지 확인하는 절차입니다.
   HTML 태그로 하시려면 환경설정 > 추가메타태그에 복사해 넣으시면 되며,
   HTML 파일 업로드로 하시려면 도메인의 루트 경로에 naver*.html 파일을 업로드 하시면 됩니다.
   
   
3. 연동 사이트 목록
   우측상단의 "네이버 신디케이션" 녹색 버튼을 클릭합니다.
   
   
4. 이용약관 동의
   약관을 잘 읽어보신후 동의하십시오.
   
   
5. 연동 사이트 선택
   목록에서 사이트를 선택후 "선택 완료" 버튼을 클릭합니다.
   
   
6. 신디케이션 적용
   Token 을 복사하여 "환경설정 > 기본환경 > 네이버 신디케이션 연동키" 에 복사해 넣고 설정을 저장합니다.

네이버에서 수집이 잘되고 있는지 확인하는 방법

1. ​네이버에서 site:도메인 으로 검색합니다.
2. 웹문서 더보기를 클릭합니다.
3. 정렬에서 최신순을 클릭합니다.

sir.kr 의 예)

http://web.search.naver.com/search.naver?where=webkr&sm=tab_srt&query=site%3Asir.kr&r=&filetype=none&option=off&fd=2&st=d&docid=0&dfrom=&dto=&f=&srcharea=all&dtype=all&sbni=&domain=&fqr=0&research_url=&sbni_rootid=&nso=so%3Add%2Ca%3Aall%2Cp%3Aall&ie=utf8&mson=0

이번에 바뀐 네이버 신디케이션은 바로 바로 적용이 됩니다. 
글을 쓰고 5분 정도가 지났는데도 신디케이션 수신이 안된다면 사이트에서 핑을 제대로 전달하지 못하는 것입니다.
네이버쪽의 문제가 아니라 사용자쪽의 문제라는 것이죠.