팝업 div 코드를 만드신 후 
해당 div 의 최초 부분에 id나 name을 만듭니다.

<?php for($p=0; $p < 팝업갯수; $p++){?>
<div class="mainPopup" name="popup<?=$p?>" style="display:none;">

    <div>

        <div>팝업 내용</div>

        <div class="mainPopup_close">창닫기</div>

    </div>

    <div>

        <input id="today_close" type="checkbox" name="today_close" value="Y" data-num="<?=$p?>">
        <label for="today_close">오늘 하루 보지 않기</label>

    </div>

</div>

<?php }?>

<script>

var popupCookie = getCookie('popup'+PopNum+'');

if (popupCookie != "done") {
    $('div[name="popup'+PopNum+'"]').show();

}
$('#today_close').click(function () {
    var num = $(this).attr('data-num');
    $('.mainPopup').hide();

    if ($("input:checkbox[name=today_close]").is(":checked") == true) {
        setCookie00('popup'+num+'', "done", 1);
    }

});

$('.mainPopup_close').click(function(){
    $('.mainPopup').hide();
});
</script>