%가 파일명에 들어가면, file_exists 함수가 정상동작을 하지 않습니다.
따라서, 오류가 나오는것 입니다.
file_exists 함수는 여러곳에서 쓰는 것이므로 파일명을 저장할 때, %를 없애고 저장해야 할 겁니다.
이부분을 불당썸에서 처리할 수 있게 한다고 해도,
다른 곳에서 오류를 발생시킬 소지가 다분하기 때문에 하지 않는게 더 나은거 같습니다.

그누보드 원본처럼 write_update.php에서 아래처럼 %를 모두 제거하는게 바람직 합니다.

$upload[$i][file] = time().'_'.substr($shuffle,0,8).'_'.str_replace('%', '', urlencode(str_replace(' ', '_', $filename)));

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불당썸 업글 이외에는 sir에 더이상 글을 남기지 않고 남길 생각도 없으므로
이후의 질문은 opencode.co.kr 에서 해주세요.

감사합니다.
덕분에 하나 배웠습니다.