검색페이지 오류... 어떤 문제인지 알수가 없네요...

지난 10월경에 파일내 소스삽입으로 보이는 해킹이 있어서 기존 백업으로 백업을 했습니다. 그런데 기존에 검색기능은 이상없이 이미지나 링크 등 모두 원활하게 작동을 하였습니다. 백업이나 파일정정 이후 다른 기능들은 이상이 없으나 검색페이지에서 include, javascrip, style 등의 링크를 못 가지고 오고 검색시 meta 데이터에 걸린 링크와 기타 페이지 링크등에서 오류가 발생 되고 있습니다. permission조정 등 기타 사이트와 비교를 해보았지만 해결점을 못 찾고 있습니다.

-> 링크1 : 검색페이지
-> 링크2 : 최근게시물 페이지, 검색

어디에 문제점이 있는지 고수님들의 한 수 부탁드립니다.