업데이트를 할때마다 스킨이 날라갑니다..

네 정상입니다.
워드프레스 플러그인이나 테마는 자동 업데이트 하게 되면 소스가 초기화 되므로 작업한것이 날라가게 됩니다.

제가 예전에 한 답변을 읽어 주세요.
http://sir.kr/qa/121067#c_121640

질문 내용의 문제를 완전히 회피하려면 child-theme 를 만드신후 그 안에 그누커머스 스킨 폴더를 넣어서 수정해서 사용하면 됩니다.

음. 이전 답변 이제서야 읽고 왔네요. 답변감사합니다.