하하 php.net이 진리입니다.

네.
php.net에서 w 옵션을 발견했습니다.
알고 잇었는데 생각을 못하고 있다가 사이트에서 w 옵션을 본것이지요.

수정했습니다.
<?PHP
$file_pointer = fopen("./data.php", "r");
if($file_pointer) {
echo "파일을 성공적으로 열었습니다.<hr>\n";

$file = fread($file_pointer, 1000); // 파일리드

/* 업데이트 관련 */
$wr = explode("echo \"아래에 소스 삽입되어야 정상<br>\";", $file);
$wr = explode("echo \"위에 소스가 삽입되어야 정상<br>\";", $wr[1]);
$text = "\n\necho \"Good Evening<br>\";\n\n".chr(13).chr(13); // 업데이트문

/* 파일 재작성 */
if(!eregi($text, $file)){ // 이미 처리 했는지 확인
if($file_pointer2 = @fopen("./data.php", "w")){ // 퍼미션 에러 있는지 검사
$con = str_ireplace($wr[0], $text, $file);
fwrite($file_pointer2, str_ireplace($file, $con, $file));
echo "성공적으로 변경하였습니다.";
}else{
echo "업데이트 해야 할 파일에 쓰기가 불가능합니다.";
}
}else{
echo "이미 업데이트 됬습니다.";
}

} else {
echo("업데이트 해야할 파일을 찾지 못했습니다.");
}


@fclose($file_pointer);
?>
data.php 경우 수정하고자 하는 소스 사이 무엇(공백포함) 이라도 있어야합니다.
기존소스를 수정하는 방법은 더 생각을 해봐야겠네요.

업데이트 만들기 위한 기반