hover와 전역 변수를 이용해보세요.
원하시는 방법이 정확히 이것인지는 파악이 안됩니다만, 마우스가 오버되었을때는 인터벌이 멈추고 마우스가 아웃되었을때 인터벌이 다시 실행되는 코드입니다.

var msOverOut = 0; //0일때 아웃 1일때 오버
$("#패널명").hover(
function() {
msOverOut = 1;
},
function() {
msOverOut = 0;
}
);

var f = function(ms) {
msOverOut = ms;
if(msOverOut == 0) { //마우스가 아웃일때만 해당 함수 실행
반복해서하고싶은코드..
} else {
return;
}
}

setInterval("f(msOverOut);",3000);